Trotz seiner Nähe zu Kleinasien, war Samos eine Stütze für die Kontrolle über die Südägäis während desn griechischen Unabhängigkeitskampfes.

Der Anführer der Revolution war Likourgos Logothetis, Mitglied des Geheimbundes Philiki Etaireia. Am 18. April 1821 hissten die Samioten unter Führung von Kostantinos Lahanas die Flagge der Revolution in Pigadakia, Vathi.

Dank ihrer guten Organisation verteidigten die Revolutionäre die Insel erfolgreich gegen verschiedene Attacken der Türken. Eine der wichtigsten Verteidigungsanlagen war die Logothetis-Burg in Pythagorion.

Am 5. Juli 1821 versuchten die Türken, im Bezirk Georgis östlich von Pythagorion einzufallen, wo ihnen heldenhafter Widerstand von wenigen Samioten unter Führung von Kapetan Stamatis entgegengebracht wurde. Die Türken wurden vernichtet, und seitdem wird dieser Bezirk 'Mörder' genannt.

Am 5. August 1824 wurde die türkische Flotte unter Führung von Hosref von der griechischen Flotte unter Georgios Sahtouris geschlagen.

Kanaris mit seinem Schlachtschiff sprengte das türkische Flaggschiff im Eptastadios Porthmos Am nächsten Tag, dem 6.August, der Tag der Erscheinung der Jungfrau Maria, feierten die Griechen ihren Sieg und errichteten später die Kirche der Erscheinung der Jungfrau Maria neben der Logothetis-Burg im Gedenken an diesen Sieg.

Vom 24. August bis zum 29. August fand im nahegelegenen Golf von Gerodas die größte Seeschlacht der Revolution statt. Die griechische Flotte schlug mit nur 70 Schiffen unter Andreas Miaoulis die dreimal so große Türkisch-Ägyptische Flotte.

Trotz seiner entscheidenden Rolle in der Revolution nahmen die Großmächte Frankreich, England und Rußland in ihrem Londoner Abkommen 1830 Samos nicht in den neuen griechischen Staat auf. Samos wurde zum Fürstentum unter dem Schutz des Sultans erklärt, mit einem christlichen Regenten, den dieser einsetzte. Likourgos Logothetis verließ darauf mit 6000 anderen, die das neue Regime nicht anerkannten, die Insel.